ظهور مذهب پروتستان در اوایل قرن شانزدهم میلادی، شکاف عمیقی بین پیروان مسیحیت به وجود آورد و کاتولیکها و پروتستانها در طول سده های پس از آن، بارها با هم به نزاع و نبرد پرداختند.
یکی از جنگهای معروف طرفداران پروتستان با کاتولیک مذهبان، در دهه دوم قرن هفدهم میلادی به وقوع پیوست و در حدود سی سال به طول انجامید.
در روز 23 مه 1618میلادی، پروتستانهای چک که از محدود شدن آزادیهایشان توسط "فردیناند دوم"، امپراتوری مقدس روم نگران بودند، دو فرستاده وی را به قتل رساندند و به این ترتیب جنگهای سی ساله مذهبی در اروپا آغاز شد. این جنگها که عمدتاً در آلمان روی داد، فراز و نشیبهای زیادی داشت.
در طول جنگ، کشورهای فرانسه، سوئد و دانمارک در حمایت از پروتستانها و دولت اسپانیا و امپراتوری روم به طرفداری از کاتولیکها وارد جنگ شدند.
جنگهای سی ساله مذهبی اروپا در نهایت، با انعقاد «پیمان وستفالی» در سال 1648میلادی خاتمه یافت، اما اسپانیا و فرانسه تا امضای «پیمان پیرنه» در سال 1659میلادی با هم درگیر بودند.
این جنگ همچنین قحطی و بیماری‌های گوناگونی را به همراه داشت و باعث شد، که کشور آلمان از جمعیت خالی شود به طوری که در جنوب آلمان تنها حدود یک سوم زنده ماندند. هرچند که جنگ سی سال طول کشید ولی درگیری آن سیصد سال دیگر ادامه داشت. جنگهای سی ساله، علاوه بر ویرانی و تجزیه آلمان و نیز تضعیف امپراتوری مقدس روم، قدرت یافتن فرانسه را در پی داشت.
چندین دهه پس از پایان جنگ، هنگامی که اتریش و متحدان آلمانی‌اش در حال جنگ با ترکان عثمانی بودند، "لوئی چهاردهم" پادشاه فرانسه موقعیت را خوب دید تا تصرفات خود را در دو طرف راین گسترش دهد. این عمل که در «جنگهای ناپلئونی» نیز تأثیرگذار بود، به دشمنی دیرینه آلمان و فرانسه تبدیل شد و می توان گفت که بعدها یکی از دلایل و پیش زمینه های دو «جنگ جهانی» بود.
در جنگهای سی ساله اگر چه نزاع دیرینه دو مذهب کاتولیک و پروتستان نقش مهمی داشت، اما عواملی چون اختلافهای ارضی و سیاسی دولتهای این قاره نیز در شروع و ادامه جنگ، بسیار مؤثر بود.
از نتایج مهم این جنگها، پایان نسبی درگیریهای مذهبی پروتستانها و کاتولیکها و آغاز رشد جریانهای ناسیونالیستی و ملی گرایى و نژادپرستی در اروپا بود.
در کنار این تاثیرات، تفکر جدایى دین از سیاست نیز سر برآورد و به عبارتی، یکی از وقایع مهم اجتماعی که زمینه جدایی نهاد دینی را از سیاست فراهم ساخت، همین جنگها و «پیمان وستفالی» بود.امضاء این پیمان در مبانی نظری تاریخ سیاسی، به ابتدای مطرح شدن کلمه «سکولار» مشهور است.اینجا نخستین مرتبه ای است که بسیاری از املاک و مستغلات کلیسایی به غیر روحانی سپرده می شود و از آنها با پسوند «سکولار» نام برده می شود و بدین شکل مراکز اقتصادی که در سلطه کلیسا بودند از نفوذ کلیسا خارج گشتند.
